Το αρχικό κτήριο (5.500μ²) είχε κτιστεί σε φάσεις από το 1935 έως το 1955, προκειμένου να στεγάσει τη μοναδική συλλογή μινωικών αρχαιοτήτων.

 Ο σχεδιασμός του κτηρίου έγινε από τον Πάτροκλο Καραντινό, και θεωρήθηκε άμεσα, διεθνώς, ένα από τα πρότυπα και πιο σημαντικά κτήρια μουσείων του Μοντέρνου Κινήματος. Η νέα παρέμβαση λοιπόν είχε σαν στόχο, αφενός να αποκαταστήσει και να αναδείξει αυτό το μνημείο, και αφετέρου να το εκσυγχρονίσει ώστε να αντιμετωπίσει τις λειτουργικές ανάγκες του 21^ου αιώνα.